微孔过滤法主要用于筛选微生物的过滤，过滤时，使用前必须根据被滤介质的理化性质选用合适的微孔滤膜。作为微孔滤膜的材料有很多种，其性能又有所不同。常用微孔过滤膜有如下几种：

（1）    水系微孔滤膜：一般用于纯水相的过滤。在过滤含有机相的混合溶剂时应尽量避免使用水系滤膜，以防滤膜被溶解，因为水系滤膜一般由纤维素类的材料制成。纤维素类膜材料的特点是亲水性好、成孔性好、来源广泛，但耐酸碱和有机溶剂能力差，抗蠕变性能差。水系滤膜系列包括：醋酸纤维素膜、硝酸纤维素膜、混酯膜再生纤维素膜、聚醚砜等。

（2）    有机系微孔滤膜：用于有机溶剂的过滤。常用有机系微孔膜：聚四氟乙烯膜(PTFE)、聚偏二氟乙烯膜(PVDF)、聚偏氟乙烯

（3）    混合滤膜过滤：一般用于水系、有机系通用。混合滤膜过滤：尼龙膜、改性的聚偏氟乙烯（改良亲水性）、聚四氟乙烯膜（改良亲水性）、聚偏二氟乙烯膜（改良亲水性）。脂肪族尼龙，有良好的亲水性，耐适当浓度的酸碱，不仅适用于含有酸碱性的水溶液，亦适用于含有有机溶剂，例醇类、烃类、醚类、酯类、酮类，苯和苯的同系物，二甲基甲酰胺，二甲基亚砜等等，是适用范围最广的微滤膜之一。